Patrí k najznámejším pamiatkam mesta. Je celý drevený, nakoľko drevo bolo v období výstavby najlacnejším materiálom. Postavený je mimo historického jadra, pretože na základe Šopronského snemu z roku 1681 mohli protestanti stavať kostoly mimo mestských hradieb, na presne určenom mieste a výlučne na náklady cirkvi.
Kostol stál už v roku 1687. V roku 1717 bol prestavaný do dnešnej podoby rovnoramenného gréckeho kríža v slohu ľudového baroka. Je v ňom miesto pre viac ako 1500 osôb.
Je zaradený medzi národné kultúrne pamiatky. Kostol pochádza z čias náboženskej neslobody protestantov a kežmarskí evanjelici si museli kostol vybudovať mimo mestských hradieb na presne určenom mieste a na náklady cirkvi. Najlacnejším stavebným materiálom bolo drevo a dodnes sa na území Slovenska zachovalo päť takýchto podobných kostolov postavených z dreva. Prvá stavba kostola začala v roku 1687 a v roku 1717 bol dostavaný do dnešnej podoby a 15.augusta 1717 vysvätený. Je zasvätený svätej Trojici. Kostol zaujal svojou mohutnosťou, ktorá sa však prejavila v jeho interiéri. Na stavbu kostola prispeli protestanti z celej severnej Európy a zúčastnili sa aj na stavbe. Napr. švédski námorníci zanechali pamiatku: vrch interiéru kostola pripomína obrátenú provu lode a okná sú okrúhleho tvaru ako na lodiach. Celý kostol s interiérom je v slohu ľudového baroka vyrobeného z tisu a červeného smreka bez použitia jediného kúska kovu. Pôdorys má tvar gréckeho kríža. Umelecky veľmi cenný je kostolný orgán s drevenými píšťalami. Celá valená klenba kostola spočíva na štyroch točivých stĺpoch a na obvodných múroch, do kroeých boli vedené tri vchody. Na samotnom prízemí je 1062 miest na sedenie. Ďalších 479 miest na sedenie je na šiestich chóroch – do kostola sa pomestí 1541 sediacich a možno aj toľko stojacich osôb.
Dominantou kostola je oltár, dielo drevorezbára Jána Lercha a jeho dielne, započaté r.1717 a ukončené pozlacovacími prácami r.1727. V strede oltára je plastický výjav Ukrižovania – pod krížom sú postavy Márie, Márie Magdalény a sv.Jána, po stranách oltára sú postavy zo Starého zákona –Mojžiš a Arón. V štíte oltára je znak svätej Trojice, korej je kostol zasvätený. Na klenbe nad oltárom je znak cisárskeho rodu- z vďačnosti, že vôbec povolil cisár evanjelikom stavať kostol.
Bohaté vyrezávanie a maľba sú tradičné pre evanjelické kostoly- sú v ďalších častiach interiéru. Napravo od oltára je kazateľnica z roku 1717, dielo Jána Lercha. Kazateľnica spočíva na postave anjela a prístupových schodoch. Zdobia ju plastiky starozákonných prorokov, štyroch evanjelistov a Krista. Kazateľnica je situovaná tak, že ju vidieť z ktorejkoľvek časti kostola.
Pred oltárom je krstiteľnica – jej kamenná časť je z roku 1690, horná medená časť z roku 1768. V blízkosti oltára vpravo pri stene je skvostná lavica pre vyšších cirkevných duchovných z 1.polovice 18.storočia. V kostole je šesť chórov. Za oltárom je bohatou maľbou zdobený spevácky chór, ktorý je s prechodovým s tkzv. čiernym chórom spojený so ženským chórom – poprsnicu tohto chóru zdobia vyrezávané hlavičky anjelov. Oproti ženskému chóru je umiestnený mužský chór, zdobený maľovanými biblickými výjavmi. Zo spomínaných chórov je schodišťom prístupný len mužský a ženský chór. Na týchto chóroch je orgán zadovážený v roku 1717. Stavbu dvojmanuálového orgánu s 12 registrami ukončil r.1720 levočský organár Vavrinec Čajkovský. Orgán je funkčný a kvôli vynikajúcej akustike sa tu často robia orgánové koncerty. Pod jednotlivými chórami sú umiestnené lavice s mriežkovými priezormi, v ktorých sedávali predstavitelia mesta a cechov.
Maľby sú na niektorých chóroch a zdobia aj klenbu kostola- predstavujú výjavy zo Starého zákona a Nového zákona. Za autora malieb sa považuje neznámy maliar Mayer a Ján Gottlieb Kramer. Pôvodná dlažba kostola bola hlinená, kde tu prekrytá doskami a postupom času ju vydláždili náhrobnými doskami zo 17. až 19. storočia. Jedinou kamennou časťou kostola je sakristia. Má dve miestnosti prerobené z pôvodného hostinca a neskoršej školy.
Roku 1985 bol kostol vyhlásený za národnú kultúrnu pamiatku. Dňa 12. júna 1991 bol kostol vrátený evanjelickej cirkvi a v jej réžii sa začala v tom roku generálna oprava. Po ukončení opravy v roku 1995- kandiduje tento drevený artikulárny kostol v zápise do zoznamu UNESCO pre zachovanie svetového dedičstva.